Las temporadas de El Marginal tienen una narración circular. La segunda es una precuela de la primera, y la tercera se ubica en una línea de tiempo intermedia, entre la precuela y la primera temporada.
Hay dos formas válidas de ver la serie: respetando el orden de su emisión o el orden cronológico y ver primero la precuela (segunda temporada), luego la temporada intermedia (temporada actual), y por último la primera temporada.
En la primera temporada tenemos como eje central la misión de Miguel Palacios en el panel San Onofre, y su relación con los hermanos Borges y su organización delictiva.
En la segunda temporada, cronológicamente anterior, podemos ver cómo se da el surgimiento de esa organización delictiva comandada en un principio por el Sapo. Los hermanos Borges, recién llegados al penal, no tienen ningún poder. Acá podemos ver cómo los guardiacárceles y Antín, el director, son parte fundamental de este tipo de crimen organizado.
Y la tercera temporada, intermedia, nos mostrará cómo los hermanos Borges, una vez consolidado su poder, traman un plan para recaudar mucho dinero rápido con la intención de “comprar” su libertad. Los que vieron el primer envío, recordarán cómo ese botín de dinero sirve de disparador para los conflictos que culminan con la entrada de Miguel Palacios al penal.